Hoài Ân không có quốc lộ chạy qua, phía bắc có tỉnh lộ 629 nối với quốc lộ 1A tại Bồng Sơn, Hoài Nhơn, chạy qua địa phận 2 xã Ân Mỹ, Ân Hảo Đông lên tới huyện lỵ An Lão và đi Ba Tơ, Quảng Ngãi; phía nam có tỉnh lộ 630 nối với quốc lộ 1A tại cầu Dợi, Hoài Đức, Hoài Nhơn, chạy qua thị trấn Tăng Bạt Hổ, xã Ân Đức, xã Ân Tường Tây, xã Ân Nghĩa, lên huyện Kbang, Gia Lai nối với tỉnh lộ 637 qua huyện lỵ Vĩnh Thạnh và nối với quốc lộ 19 tại vườn Xoài, Tây Thuận, Tây Sơn. Ngoài ra còn có tỉnh lộ 631 nối với quốc lộ 1A tại đèo Nhông, Mỹ Trinh, Phù Mỹ chạy qua địa phận xã Ân Tường Đông tới Gò Loi, Tân Thạnh, Ân Tường Tây giáp với tỉnh lộ 630.

Trong tương lai gần (theo kế hoạch cơ bản thông toàn tuyến vào năm 2020) có đường bộ cao tốc bắc nam chạy qua địa phận xã Ân Thạnh, thị trấn Tăng Bạt Hổ, xã Ân Phong, xã Ân Tường Đông huyện Hoài Ân(cuối tháng 4 năm 2011 đã khảo sát cắm mốc trên địa bàn huyện).

Đây cũng là địa phương có dự án Đường cao tốc Quảng Ngãi – Bình Định đi qua đang được xây dựng.